Fue nombrado primer director de la
biblioteca pública, compuesta por más de 40.000 volúmenes procedentes de los
fondos de la Compañía de Jesús, recientemente expulsados.
También publicó importantes trabajos de medicina, como las Reflexiones
acerca de las viruelas (1785),
el cual se convertiría en el primer texto científico que refería la existencia
de microorganismos
(inclusive antes que Louis Pasteur) y que definiría como política de
salud conceptos básicos en la actualidad como la asepsia
y antisepsia
de lugares y personas. Más adelante colaboró en la creación de la Sociedad
Patriótica de Amigos del País de Quito a semblanza de las otras que
comenzaban a surgir en España y en las colonias y, sobre todo, editó el primer diario
de la ciudad: Primicias de
la Cultura de Quito (1792). Por su actividad de denuncia continua fue nuevamente
encarcelado, después de 11 meses lo dejaron libre para morir tranquilo en su
casa el 27 de diciembre de 1795 a causa de disentería.
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